GeneScan Analysis Software Version 3.1 User's Manual © Copyright 1998, The Perkin-Elmer Corporation This product is for research purposes only. GeneScan, Genotyper, and Perkin-Elmer are registered trademarks of The Perkin-Elmer Corporation. BioLIMS is a trademark of Molecular Informatics, Inc. ABI, ABI PRISM and the ABI PRISM design, Applied Biosystems, GenoPedigree, PE, and PE Applied Biosystems are trademarks of The Perkin-Elmer Corporation. Sybase is a registered trademark and Sybase SQL Server are trademarks of Sybase, Inc. Oracle is a trademark of Oracle Corporation. All other trademarks are the sole property of their respective owners. - Contents 1 GeneScan Analysis Software Overview . . . . . . . . . . 1-1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1 In This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1 What's New in the GeneScan Analysis Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2 BioLIMS Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2 Fifth Dye . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2 Works with 96-Lane Gels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2 Displaying Off-Scale Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3 Manual Tracker Interface Changes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3 Printing from Sample File Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3 New Neural Net Tracker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3 Lane Extraction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-4 About This Manual and Other Instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5 ABI 373. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5 ABI 373 XL Upgrade Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5 96-lane Upgrade Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5 Manual Text . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-5 User Attention Words . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-6 Using the Macintosh Computer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7 Macintosh Computer Vocabulary and Operations . . . . . . . . . . . . . . . 1-7 Guidelines for Optimal Performance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7 Macintosh Computer Terms Used in This Manual . . . . . . . . . . . . . . . 1-8 Registering the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-11 License and Warranty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-11 Registering Your Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-11 Installing the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-12 System Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-12 i Turning On Virtual Memory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . RAM Required to Run the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Installing the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Program Files Installed Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Contents of Folders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GeneScan Analysis Software Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Table of Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sample File Database Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Technical Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . To Reach Us On the Web . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Hours for Telephone Technical Support. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . To Reach Us by Telephone or Fax in North America . . . . . . . . . . . Fax-on-Demand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . To Reach Us by E-Mail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Regional Offices Sales and Service . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-13 1-14 1-14 1-15 1-15 1-16 1-16 1-19 1-20 1-20 1-20 1-20 1-22 1-23 1-23 2 How to Process and Edit the Gel File . . . . . . . . . . . .2-1 Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1 In This Chapter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1 Topics in This Chapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1 About Gel Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2 Instruments Producing Gel File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2 96-Lane Gels Capability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2 Gel File Contents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2 How GeneScan Tracks a Gel File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2 How to Set Gel Processing Preferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3 Displaying the Gel Preferences Dialog Box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3 Auto-Launch Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-4 Image Generation Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-4 Lane Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-7 Comb Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10 How to Display the Gel File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-11 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-11 ii Displaying the Gel File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-11 About the Gel File Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-12 Differences Between Gel File Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-12 Gel File Window Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13 Gel File Window Buttons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14 Gel File Window Described . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-15 How to Adjust the Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-18 Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-18 Displaying/Hiding a Dye Color . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-18 Changing Dye Indicators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-19 Adjusting the Contrast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20 Removing Gel Contrast Changes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-22 Regenerating the Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23 Installing New Matrix Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24 Verifying Gel Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-26 Where the Information is Archived. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-26 Data Collection Run Error Log. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-26 Gel Info Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-26 Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27 Sample Sheet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-28 Displaying the Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 What is the Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 Using the Copy of the Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 Displaying the Copied Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 Displaying a New Sample Sheet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-29 About the Sample Sheet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-31 Sample Sheet Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-31 Sample Sheet Described . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-31 Working with the Sample Sheet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-34 Editing Collection Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-34 Changing Column Widths. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-35 Editing the Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-35 Printing the Sample Sheet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-36 Installing a New Sample Sheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-36 Importing Data to Sample Sheets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-37 iii Exporting Data From Sample Sheets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . About Displaying Regions of Off-Scale Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Why Displaying Off-Scale Data is Important . . . . . . . . . . . . . . . . . Off-Scale Detection and GeneScan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Displaying Off-Scale Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gel File Window Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Electropherogram Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Working with Lane Markers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Topics in This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Moving Between Lanes and Channels. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Using Control Points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Adding and Deleting Control Rows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . What Marking Lanes as Used/Unused Means . . . . . . . . . . . . . . . . . Marking Lanes as Used or Unused . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Moving Misplaced Lane Markers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Marking and Unmarking Lanes for Extraction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Lane Marker Rules. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . About Marking Lanes for Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Marking All Lanes for Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Unmarking All Lanes for Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Marking a Single Lane for Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Unmarking a Single Lane for Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Working with Tracker Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Topics in This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Hiding/Showing Tracker Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Why Positioning Each Lane is Important . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Causes to Misinterpreting Lane Positions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Verifying Optimal Channel Tracking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Reviewing Tracker Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Moving Tracker Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Deselecting a Lane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Interpolating Tracker Lines. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Why Use Interpolation Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iv 2-37 2-38 2-38 2-38 2-38 2-40 2-41 2-43 2-43 2-43 2-44 2-45 2-46 2-47 2-47 2-48 2-50 2-50 2-50 2-51 2 ...